SMAK Negeri Santo Thomas Morus Ende NTT Satu-Satunya Sekolah Katolik Negeri Menuju Sekolah Unggul 

Menuju Penegerian 

Dalam rangka semakin memberdayakan SMAK Santo Thomas Morus Ende dalam melahirkan kader awam Katolik yang handal dan militan serta untuk menjadi SMAK yang bermutu, dewan pendiri/penyelenggara sejak awal berdirinya telah bertekad untuk  menegerikan SMAK ini dengan menyiapkan segala hal yang diperlukan.

Ada 6 alasan dalam benak Penyelenggara. Pertama, dalam bingkai NKRI, umat Katolik pun mempunyai hak yang sama untuk mendapatkan pendidikan negeri yang berciri khas Katolik sebagaimana yang diperoleh warga negara atau umat beragama lainnya. 

Kedua, siswa/siswi pada SMAK Santo Thomas Morus Ende pada umumnya berasal dari masyarakat kelas bawah/miskin yang tinggal di pedesaan. Mereka kurang mampu membiayai pendidikan. Jika SMAK Santo Thomas Morus dinegerikan maka dipastikan kelangsungan pendidikan mereka akan terjamin. Karena anggaran penyelenggaraannya disediakan oleh pemerintah. 

Ketiga, SDM (Guru dan Pegawai) pada SMAK akan dapat ditata dengan baik, gaji terstandar, kualifikasi akademik terjamin, pengurusan kenaikan jenjang kepangkatan (karier) teratur dan kesejahteraan memadai. Dengan kondisi seperti itu maka peningkatan kualitas lembaga pendidikan menyangkut pemenuhan 8 standar nasional pendidikan akan lekas tercapai. 

Keempat, penambahan satuan kerja dalam bentuk SMAK Negeri akan membuka peluang kerja bagi orang Katolik sebagai PNS/ASN. 

Kelima, SMAK Negeri akan memberikan kontribusi besar dalam mengokohkan iman masyarakat Katolik. Karya pastoral Gereja Katolik akan sangat didukung oleh lembaga pendidikan ini. SDM di dalamnya akan menjalankan tugasnya dengan tenang guna menghasilkan output handal bagi masa depan Gereja Katolik. 

Keenam, peran hierarki Gereja Katolik tetap terjaga dalam membina dan mengarahkan, meski SMAK sudah dinegerikan, karena seluruh materi kurikulum yang bernafaskan agama Katolik baik ajaran iman, moral maupun tradisi-tradisi, tetap menjadi kewenangan Magisterium Gereja Katolik.

Tekad penegerian SMAK menjadi semakin kuat dan jelas, ketika pada pertengahan Februari 2014, pemerintah melalui Ditjen Bimas Katolik Kementerian Agama RI mengeluarkan Petunjuk Teknis Proses Penegerian Sekolah Menengah Agama Katolik (SMAK) dengan nomor: DJ.IV/Hk.005/103.A/2013.

Segera, pelaksana harian YASUKEL pada SMAK Santo Thomas Morus Ende melakukan komunikasi dan pendekatan kepada para pihak termasuk dengan Yang Mulia Uskup Agung Ende Mgr. Vinsen Potokota, Pr; dengan YASUKEL dan melakukan rapat koordinasi internal Penyelenggara/Pelaksana Harian YASUKEL pada SMAK Santo Thomas Morus serta rapat koordinasi dengan para imam dan tokoh awam Katolik, untuk merespon Juklak Penegerian 
SMAK dimaksud. 

Semua pihak pada prinsipnya menghendaki penegerian, hal ini dibuktikan dengan dukungan dari berbagai elemen terhadap proses usulan penegerian SMAK Santo Thomas Morus Ende berupa rekomendasi penegerian SMAK yakni dari  Yang Mulia Uskup Agung Ende, Bupati Ende, Ketua DPRD Ende, Kepala Kantor Kemenag Kabupaten Ende, Kepala Kanwil Kemenag Provinsi NTT dan Gubernur NTT pada tahun 2014. Proposal penegerian SMAK Santo Thomas Morus Ende menjadi SMAK Negeri Ende disampaikan kepada Menteri Agama RI pada tanggal 10 Desember 2014 yang disertai dengan surat pernyataan kesediaan menyerahkan aset SMAK Santo Thomas Morus Ende kepada negara.

Dalam perjalanan, SMAK Santo Thomas Morus Ende atas dukungan negara melalui Ditjen Bimas Katolik telah memiliki sejumlah aset. Setelah angkatan perdana SMAK Santo Thomas Morus Ende tamat maka proses pendidikan pada SMAK Santo Thomas Morus dipindahkan dari gedung SDK Ende 8 dan Gedung Monitoring Pendidikan Agama Kabupaten Ende di Jalan Katedral Ende ke gedung sederhana yang artistik milik sendiri di atas tanah milik SMAK Santo Thomas Morus Ende di Jalan Flores, Nanganesa, Kecamatan Ndona pada bulan Juli tahun 2015.

Ternyata tekad menegerikan Sekolah Menengah Agama Katolik tersebut  mendapat respons yang sangat positif dari Kementerian Agama RI karena sejalan dengan arah kebijakan Kementerian Agama RI untuk peningkatan kualitas pendidikan agama dan pendidikan keagamaan yang efektif sesuai dengan Standar Nasional Pendidikan (NSP).

Hal ini terbukti dengan diundangnya Ketua Dewan Pembina YASUKEL, Rm. Siprianus Sadipun, Pr, Ketua Pelaksana Harian YASUKEL pada SMAK Santo Thomas Morus Ende, Yosef Nganggo, S.Ag., Kepala SMAK Santo Thomas Morus Ende Arnoldus Mbanggo, S.Ag, bersama Kakan Kemenag Kabupaten Ende Petrus Pedo Beke, S.Ag. didampingi Kasi Penkatnya Drs. Fransiskus Naga guna menghadiri rapat koordinasi pembahasan penegerian SMAK bertempat di Jakarta pada tanggal 19 - 22 Desember 2017.

Kemudian diikuti dengan turunnya Tim Visitasi Penegerian SMAK dari Kementerian Pendayagunaan Aparatur Nagara dan Reformasi Birokrasi dan Kementerian Agama RI yang dipimpin oleh Kepala Biro Organisasi dan Tata Laksana pada Setjen Kementerian Agama ke SMAK Santo Thomas Morus Ende pada awal Agustus 2018.