Uji Sampel Swab Covid-19 di NTT

Oleh: Fidelis Nitti, Dosen Kimia FST Undana, Kandidat Doktor Kimia Analisis, University of Melbourne

POS-KUPANG.COM - PADA tanggal 11Maret 2020, WHO telah menetapkan Covid-19 yang disebabkan oleh virus SARS-CoV-2 sebagai pandemi global. Menurut data satgas Covid-19 pada tanggal 23 April 2020, jumlah terkonfirmasi kasus positif di Indonesia sebanyak 7.775 orang dengan jumlah yang meninggal sebanyak 647 orang.

Dalam konteks pencegahan penularan, kemampuan untuk mendeteksi orang yang terinfeksi virus SARS-CoV-2 secara cepat sangatlah penting.

Sampai saat ini, metode resmi yang digunakan adalah Polymerase Chain Reaction (PCR). Metode ini melibatkan deteksi mataerial biologis virus dalam sampel swab tenggorokan yang menjadi ciri khas SARS-CoV-2. Kelebihan utama metode ini adalah sangat peka mendeteksi keberadaan virus walaupun dalam jumlah yang sangat kecil.

• ETIKA Kembali Salurkan Masker Bedah ke RSUD Prof. Dr. W. Z. Johannes Kupang

Hingga kini, sampel terduga Covid-19 dari NTT masih dikirimkan ke laboratorium rujukan di luar NTT untuk diuji. Dalam konteks manajemen resiko, ini tentu saja tidak efisien karena akan membutuhkan waktu yang lama sampai mendapatkan hasil. Inilah yang terjadi pada pasien 01. Banyak pihak akhirnya bertanya-tanya mengapa sampai saat ini laboratorium di NTT belum bisa melakukan uji mandiri sampel swab.

Berdasarkan berita pada beberapa media lokal, Pemerintah NTT sementara menyiapkan seluruh fasilitas pendukung dan menargetkan kesiapan laboratorium di NTT untuk dapat melakukan pengujian mandiri pada akhir April 2020. Berikut beberapa syarat utama yang dibutuhkan sebuah laboratorium untuk dapat melakukan uji swab menggunakan PCR secara mandiri dan mekanisme kerjanya.

Syarat Utama

Halaman World Health Organization (WHO) mengisyaratkan beberapa faktor utama untuk dapat melakukan uji sampel swab menggunakan PCR di antaranya operator yang terlatih, alat PCR, reagen yang diperlukan, alat pelindung diri (APD) terstandar dan media khusus (Viral Transport Media) untuk menyimpan sampel swab sebelum diserahkan ke laboratorium. Selain itu, dibutuhkan juga laboratorium dengan tingkat keamanan biosafety level-2.

• Ancaman Kelaparan di Tengah Wabah Covid-19

Laboratorium biosafety level-2 memiliki tingkat keamanan yang lebih baik dari laboratorium biasa. Laboratorium ini memiliki biosafety cabinet di mana semua proses uji dilakukan. Ini bertujuan melindungi operator yang melakukan uji agar tidak tertular virus SARS-CoV-2.

Selain itu, laboratorium ini didesain dengan sistem aliran udara khusus untuk mencegah kemungkinan virus yang tidak sengaja terlepas ke udara agar tidak mengikuti aliran udara keluar laboratorium.

Tentu saja analisis resiko harus disiapkan terlebih dahulu sebelum melakukan uji dan keseluruhan prosesnya harus diawasi oleh seorang ahli.

Mekanisme Kerja

Awalnya, sampel swab terduga Covid-19 diambil oleh petugas yang dilengkapi APD. Sampel ini harus dimasukkan ke dalam VTM untuk diserahkan kepada laboratorium untuk proses uji selanjutnya.

Kita semua tahu bahwa virus ini memiliki ukuran yang sangat kecil dalam kisaran 200-400 nano meter. Karena itu, mustahil dapat mendeteksi material biologis penyusun virus secara langsung pada sampel swab dalam jumlah yang sangat kecil.

Pada tahapan ini, PCR menjadi sangat penting karena berperan memperbanyak jumlah material biologis virus agar dapat dideteksi. Proses ini biasanya membutuhkan beberapa jenis reagen yang disebut basanukleotida, primer dan enzim reverse transcriptase.

Kita bisa membayangkan susunan material biologis virus seperti rantai yang dibuat dari beberapa jenis blok berbeda dengan susunan urutan secara khusus. Untuk dapat memperbanyak bagian tertentu dari rantai blok tersebut, kita tentu saja membutuhkan jenis-jenis blok yang sama dengan bagian yang menjadi target kita.

Dalam konteks ini, jenis blok itu kita sebut sebagai basanukleotida. Perlu diingat bahwa kita tidak memperbanyak seluruh bagian dari susunan rantai blok tersebut tetapi hanya bagian tertentu yang menjadi ciri utamanya.

Untuk itu, kita membutuhkan blok khusus yang menjadi penanda atau pembatas bagian dari rantai yang akan diperbanyak. Inilah yang disebut sebagai primer. Proses ini dilakukan dengan bantuan komponen yang dinamakan enzim reverse transcriptase. Proses ini diulangi dalam beberapa siklus sesuai protokol untuk mendapatkan jumlah material biologis yang dapat terukur.

Terdapat beberapa cara untuk mendeteksi material biologis virus yang diperbanyak. Yang paling umum adalah dengan menambahkan sebuah komponen khusus yang disebut fluorescent dyes ke dalam campuran sampel sebelum proses tersebut.

Komponen ini didesain khusus untuk dapat berikatan dengan material biologis virus yang diperbanyak. Ketika berikatan, komponen ini akan menghasilkan cahaya yang dapat terukur. Semakin banyak jumlah siklus ulangan menggunakan PCR, semakin banyak jumlah material biologis virus yang diperbanyak. Dengan demikian, semakin besar intensitas cahaya yang terukur.

Kriteria konfirmasi adanya SARS-CoV-2 dalam sampel ditentukan menggunakan sebuah nilai ambang batas jumlah siklus proses perbanyakan material biologi virus. Semakin besar jumlah virus dalam sampel swab, semakin sedikit jumlah siklus yang dibutuhkan untuk memperbanyak jumlah material biologis virus.

Demikian juga sebaliknya.Oleh karena itu, sampel dengan jumlah siklus di bawah ambang batas ini akan dikategorikan positif sebaliknya di atas jumlah ambang batas siklus dinyatakan negatif.

Untuk memastikan keakuratan hasil analisis, kontrol negatif dan positif juga dilakukan dalam keseluruhan proses ini. Kontrol negatif tidak mengandung material biologis virus dan harus menunjukkan hasil negatif diakhir analisis.

Sebaliknya, kontrol positif mengandung material biologis virus dengan jumlah tertentu yang diketahui dan harus menunjukkan hasil positif diakhir analisis. Apabila kedua kontrol ini memberikan hasil yang berbeda diakhir proses, maka keseluruhan proses analisis harus diulang.

Penutup

Pada akhirnya, kita semua tentu saja berharap rencana instalasi laboratorium sesuai standar ini dapat berjalan sesuai harapan sehingga pengujian sampel swab terduga Covid-19 bisa dapat dilakukan secara mandiri di NTT.

Dengan demikian identifikasi orang terduga Covid-19 bisa dilakukan dengan cepat sehingga pemetaan dan penerapan strategi pencegahan penularan lanjutan Covid-19 dapat dilakukan lebih dini.*