Namun karena jarak sekolah dengan rumahnya di Petamburan terlalu jauh, ia kemudian dipindahkan ke sekolah yang relatif lebih dekat dengan tempat tinggalnya, yaitu SMP Kristen Bethel Petamburan dan lulus tahun 1979.
Ia kemudian melanjutkan sekolahnya di SMA Negeri 4 Jakarta di Gambir, namun lulus dari SMA Islamic Village Tangerang pada tahun 1982.
Pada tahun 1983, Rizieq mengambil kelas bahasa Arab di Lembaga Ilmu Pengetahuan Islam dan Arab (LIPIA).
Namun setelah satu tahun menempuh studi, ia mendapat tawaran beasiswa dari Organisasi Kerjasama Islam (OKI) untuk kuliah di Arab Saudi.
Ia pun melanjutkan program sarjana jurusan Studi Agama Islam (Fiqih dan Ushul Fiqh) ke Universitas Raja Saud yang ditempuhnya selama empat tahun. Pada tahun 1990, Habib Rizieq dinyatakan lulus, lengkap dengan predikat Cum Laude.
Pada tahun 2012, Habib Rizieq kembali ke Malaysia dan melanjutkan program pendidikan doktor dalam program Dakwah dan Manajemen di Fakultas Kepemimpinan dan Pengurusan Universitas Sains Islam Malaysia (USIM).
Saat ini ia sedang menyelesaikan disertasinya yang berjudul "مناهج التميز بين الأصول والفروع عند أهل السنة والجماعة" (Perbedaan Asal dan Cabang Ahlussunah Wal Jama'ah) di bawah pengawasan Prof. Dr. Kamaluddin Nurdin Marjuni dan Dr. Ahmed Abdul Malek dari Nigeria.
Artikel ini telah tayang di Tribun-Video.Com dengan judul Kejagung Punya Petunjuk, Polisi Diminta Periksa Rizieq Shihab terkait Terorisme, Kuasa Hukum: Fitnah