Ibu Indra, Yarlis, adalah seorang ibu rumah tangga. Indra memiliki dua orang kakak dan empat orang adik kandung.
Jenjang pendidikan Taman Kanak-Kanak ditempuh Indra di Sikakap, Mentawai.
Setelah itu Indra sempat masuk SD di SD Inpres Sikucua, V Koto Kampuang Dalam, di usia 6 tahun.
Tahun berikutnya, Indra masuk SD 1 Aia Angek, sempat pindah ke SD Inpres Sikucua.
Indra menamatkan SD-nya di SD 2 Aia Angek, Kecamatan X Koto, Kabupaten Tanah Datar.
Setelah itu Indra masuk ke SMP Standar Koto Laweh, lalu pindah ke SMP Negeri Kampuang
Dalam, Kabupaten Padang Pariaman, sampai tamat. Indra menamatkan pendidikan SMA-nya di SMA 2 Pariaman.
Kemudian, Indra melanjutkan studi Sarjana di Jurusan Ilmu Sejarah Universitas Indonesia dan Pasca Sarjana di Jurusan Ilmu Komunikasi Universitas Indonesia.
Pada masa kuliah, Indra adalah aktivis mahasiswa yang memegang jabatan intra dan ekstra kampus, mulai dari tingkat jurusan, fakultas, universitas sampai antar universitas.
• Provinsi NTT - Hasil Tax Amnesty Sudah Rp 11 Miliar,Simak Penjelasan Kepala BPA NTT
• BREAKING NEWS: Jatanras Polres Manggarai Tangkap Pelaku Judi KP di Desa Cumbi
Sebagai mahasiswa Universitas Indonesia (1991-1996), Indra mewakili UI dalam beragam kesempatan pertemuan mahasiswa antar perguruan tinggi.
Ia memiliki jaringan luas di kalangan aktivis mahasiswa era 1990-an sampai gerakan mahasiswa 1998.
Indra dikenal sebagai pengamat dan peneliti bidang politik, pemerintahan daerah, konflik, pertahanan, keamanan dan otonomi daerah.
Indra juga terlibat dalam pelbagai organisasi masyarakat sipil, seperti Koalisi Konstitusi Baru, Koalisi Media, sampai Pokja Papua. Ia pernah bekerja di Centre for Strategic and International Studies (CSIS) sejak 1 Desember 2000 sampai 31 Desember 2008.
Setelah itu, Indra terjun total ke dunia politik, tanpa meninggalkan kegemarannya untuk meneliti dan menulis.
Indra juga merupakan salah satu pendiri dan sekaligus Sekjen pertama Ikatan Himpunan Mahasiswa Sejarah Se-Indonesia (IKAHIMSI) pada tahun 1995.
• BI Luncurkan QR Code, Aplikasi Uang Elektronik Gunakan Standar Indonesia
• Kejuaraan Taekwondo Lourdes Cup 1 Bergulir 24-26 Agustus di Kupang, Ini Lokasi Penyelenggarannya
Sehari-hari beraktivitas sebagai Dewan Penasehat The Indonesian Institute.