Selanjutnya ia dibawa ke kamp pengungsian untuk ditahan selama 5 tahun dan 4 bulan.
Saat penahanannya, Hamas menolak permintaan dari Komite Palang Merah Internasional ( ICRC ) agar diperbolehkan mengunjungi Shalit.
Hamas beralasan kunjungan itu bisa membuat yang lain tahu lokasinya.
Banyak organisasi HAM mengkritik penahanan ini, mengklaim kondisi penahanan Shalit kontras dengan hukum kemanusiaan internasional.
Baca Juga: Inilah Jaringan Terowongan Bawah Tanah 'Metro' di Gaza Kekuasaan Hamas yang Digunakan untuk Culik Tentara Israel
Palang Merah menyatakan, "keluarga Shalit memiliki hak di bawah hukum kemanusiaan internasional untuk menghubungi anak mereka".
Komunikasi hanya terjadi di bulan-bulan awal dan itu pun terganggu karena melalui mediator tentara bawahan Hamas , Ghazi Hamad , yang diminta meyakinkan orang tua Shalit jika Shalit "hidup dan diperlakukan menurut hukum Islam sesuai tahanan perang, artinya ia mendapat perlindungan, makanan, dan pengobatan medis."
Israel berulang kali menuntut agar Shalit dibebaskan, untuk itu Hamas memiliki strategi hebat menukarnya dengan para tahanan warga Palestina.
Satu-satunya kontak Shalit dengan dunia luar setelah penangkapan dan sebelum ia dikeluarkan adalah tiga huruf, rekaman suara dan sebuah DVD.
Israel berhasil menerimanya setelah setuju melepaskan 20 tahanan wanita Palestina.
Hamas menculik Shalit dengan tujuan awal menuntut dilepaskannya semua tahanan wanita dan anak-anak di bawah umur Palestina.
Akhirnya, setelah ditahan 5 tahun dan 4 bulan, kesepakatan antara Hamas dan Israel tercapai.
Israel setuju melepaskan 1.027 tahanan Palestina untuk bisa memulangkan Shalit.
Dari 1027 tahanan Palestina tersebut beberapa adalah para terdakwa pembunuhan berlapis dan melakukan serangan terhadap warga sipil Israel, setidaknya menurut sumber pemerintah Israel.
Saat ia kembali, ia ditunggu orang tuanya dan ia bertemu dengan Perdana Menteri Benjamin Netanyahu saat itu.