Bersama dengan Sandro Rosell, Bartomeu menjadi pendukung pencalonan Joan Laporta untuk pemilihan presiden klub pada tahun 2003, yang berakhir dengan kemenangan Laporta.
Bartomeu kemudian ditunjuk menjadi penanggung jawab tim bola basket dan bola tangan.
Di bawah arahan Bartomeu, tim basket menjuarai Liga ACB dan Piala Super ACB.
Namun ia akhirnya mengundurkan diri pada Juni 2005, seiring dengan pengunduran diri beberapa anggota direksi lainnya yaitu Rosell, Jordi Mones dan Jordi Moix, karena perbedaan pendapat dengan Laporta.
Wakil presiden (2010–2014)
Bartomeu kembali menjadi jajaran petinggi klub setelah Rosell memenangkan pemilihan presiden pada tahun 2010. Ia diangkat menjadi wakil presiden keolahragaan.
Penjabat presiden (2014–2015)
Rosell mengundurkan diri dari jabatannya sebagai presiden setelah diduga menggelapkan dana transfer Neymar dari Santos ke Barcelona.
Berdasarkan pasal 33 dalam statuta klub Bartomeu diangkat menjadi presiden ke-40 FC Barcelona pada 23 Januari 2014.
Pada periode ini, Barcelona mendatangkan Luis Suárez, dan Luis Enrique yang menggantikan Tata Martino sebagai pelatih. Pada tahun 2015, Barcelona memenangkan treble untuk kedua kalinya setelah menjuarai La Liga, Copa del Rey, dan Liga Champions.
Pada 9 Juni 2015, posisi presiden klub dikembalikan pada Komisi Manajemen yang dipimpin Ramon Adell.
Presiden (2015–sekarang)
Bartomeu kembali menjadi presiden setelah memenangkan pemilihan presiden klub pada 18 Juli 2015.
Pemilihan ini diikuti 43,12% (47.270 pemilih) dari 109.637 anggota klub, yang menjadi tingkat partisipasi pemilih tertinggi ke-3 dalam sejarah FC Barcelona.
Bartomeu meraih 25.823 suara (54,63% dari keseluruhan pemilih), sedangkan Laporta, mantan presiden klub periode 2003–2010, mendapat 15.615 suara (33,03%).